Il primo insediamento risale all'epoca preistorica come testimoniano le numerose necropoli esistenti sulla collina dell'Alveria.

Secondo una leggenda la città fu governata dal principe Ducezio che, con i Siculi, si ribellò alla politica espansionistica di Siracusa. Durante il dominio greco nel II secolo a.C. Noto conobbe un fiorente periodo produttivo, mentre sotto i romani gli sforzi principali furono destinati ad una energica opposizione contro le depredazioni di Verre.

Con la conquista araba dell'anno 866 Noto raggiunse una notevole importanza per la Sicilia tanto da essere nominata capoluogo di una delle tre circoscrizioni in cui era divisa l'isola. Il processo di sviluppo continuò per tutto il XV e XVI secolo, fino a quando il terremoto del gennaio 1693 rase al suolo la città che fu poi ricostruita su un'altra altura chiamata collina delle Meti, situata più vicina alla costa.

La ricostruzione avvenne durante tutto il XVIII secolo per opera di numerosi architetti che realizzarono un capolavoro urbanistico dall'inconfondibile stile barocco, di altissima qualità e unico per estensione ed omogeneità.

Nel 1865 la città perse la funzione di capoluogo e lentamente anche il ruolo di protagonista in campo politico ed economico rispetto all'isola, rimanendo in ogni caso un centro di notevole interesse per il suo patrimonio architettonico-artistico, di cui tuttora, seppure sfregiato dall'ingiuria del tempo, si può godere la bellezza.